由于冰河運動(dòng)、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過(guò)億萬(wàn)年的演變，生物硬體部才被保存下來(lái)。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮?，在自然環(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實(shí)體肉化石，因存世量少收藏價(jià)值。學(xué)者黃錦祥發(fā)現的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實(shí)有“肉化石”存在，是人類(lèi)自然科學(xué)史上的一次重大發(fā)現。 [1-2]

保存于地層中的古生物遺體、遺物或遺跡，埋藏在地下，經(jīng)過(guò)自然界的作用，變化而成的保留原物體、遺跡形狀、結構或印模的鈣化、碳化、硅化、礦化的東西。研究化石可了解生物的發(fā)展情況，并能據以確定地層的年代。艾青《魚(yú)化石》詩(shī)：“凝視著(zhù)一片化石，傻瓜也得到教訓：離開(kāi)了運動(dòng)，就沒(méi)有生命。

《山海經(jīng)》也有“石魚(yú)”（即魚(yú)化石）的記述；南朝齊梁時(shí)期陶弘景有對琥珀中古昆蟲(chóng)的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚(yú)化石的起源，已有了正確認識。迄今，發(fā)現早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。

在漫長(cháng)的地質(zhì)年代里，地球上曾經(jīng)生活過(guò)無(wú)數的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時(shí)遺留下來(lái)的痕跡，許多被當時(shí)的泥沙掩埋起來(lái)。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質(zhì)分解殆（dài）盡，堅硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周?chē)某练e物一起經(jīng)過(guò)石化變成了石頭，但是它們原來(lái)的形態(tài)、結構（甚至一些細微的內部構造）依然保留著(zhù)。同樣，那些生物生活時(shí)留下來(lái)的痕跡也可以這樣保留下來(lái)。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱(chēng)為化石，化石一般少都要經(jīng)過(guò)上億年才能形成。


有胚植物現知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類(lèi)的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個(gè)化石被保留下來(lái)，包括石松門(mén)的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門(mén)的詳細化石在此時(shí)期被發(fā)現，此化石顯示出了其植物組織的單一個(gè)細胞。泥盆紀時(shí)亦出現了被認為是古老樹(shù)木的植物“古羊齒屬”，此類(lèi)植物在其樹(shù)干上有蕨葉，但此蕨葉不會(huì )產(chǎn)生孢子。


松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區，且常在酸性及沙漠地區中所發(fā)現，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì )被保存在良好的狀態(tài)。此類(lèi)的樣本有些會(huì )使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現。

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