變化為石。 元 鄭元祐《次韻劉憲副春日湖上有感》詩(shī)：“鶴老離巢松化石，鸞孤照水竹穿沙?！?明 劉基《雙帶子》曲之四：“天上星辰能化石，黃河千歲也還清?！?；典出《初學(xué)記》卷五引 南朝 宋 劉義慶《幽明錄》：“ 武昌山 上有望夫石，狀若人立。古傳云：‘昔有貞婦，其夫從役，遠赴國難，攜弱子餞送北山，立望夫而化為立石，因以為名焉?！?明 何景明《結腸賦》：“淚隕血而崩城兮，身立枯而化石?！?明 張煌言《得友人書(shū)道內子艱難狀》詩(shī)：“漸來(lái)應化石，遮莫但飛蓬?！?蘇曼殊《無(wú)題》詩(shī)之七：“分明化石心難定，多謝云娘十幅箋?！?br/>
化石作為煉丹材料 煉丹。 唐 駱賓王《代女道士王靈妃贈道士李榮》詩(shī)：“漫道燒丹止七飛，空傳化石曾三轉?！?br/>
《山海經(jīng)》也有“石魚(yú)”（即魚(yú)化石）的記述；南朝齊梁時(shí)期陶弘景有對琥珀中古昆蟲(chóng)的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚(yú)化石的起源，已有了正確認識。迄今，發(fā)現早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。

通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著(zhù)就被周?chē)练e物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


有胚植物現知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類(lèi)的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個(gè)化石被保留下來(lái)，包括石松門(mén)的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門(mén)的詳細化石在此時(shí)期被發(fā)現，此化石顯示出了其植物組織的單一個(gè)細胞。泥盆紀時(shí)亦出現了被認為是古老樹(shù)木的植物“古羊齒屬”，此類(lèi)植物在其樹(shù)干上有蕨葉，但此蕨葉不會(huì )產(chǎn)生孢子。


松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區，且常在酸性及沙漠地區中所發(fā)現，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì )被保存在良好的狀態(tài)。此類(lèi)的樣本有些會(huì )使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現。

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