他沒(méi)想到的是，四年級劃分時(shí)，清華營(yíng)建系已改為純工科的建筑系，沒(méi)有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個(gè)研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現了研究中國建筑史的夙愿，但命運再一次捉弄了他。
反右運動(dòng)中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農場(chǎng)勞動(dòng)。
說(shuō)起這次下放，他只淡淡地說(shuō)工作是“放牛、養豬、種老玉米”。他覺(jué)得自己很厲害的是給母豬接生，十個(gè)八個(gè)呼嚕一下子就生出來(lái)了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營(yíng)造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷(xiāo)，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負責的浙江民居調查。

封建王朝對住宅有嚴格的等級規定，傅熹年將這些規定與《清明上河圖》《千里江山圖》中所畫(huà)的建筑加以比較，發(fā)現大都是吻合的。那些簡(jiǎn)單的小房子和孤立的工字形屋子可能是農民的住宅，面闊三件、歇山屋頂的可能是官僚住宅，沒(méi)有三間大門(mén)和歇山屋頂的大宅子則可能是沒(méi)有官職的大地主豪商的住宅或別墅。
傅熹年將這些研究成果用于建筑史中，得到劉敦楨的贊許，他順便撰寫(xiě)的《王希孟<千里江山圖>中的北宋建筑》等論文也陸續發(fā)表。
傅熹年作品：元大都大內宮殿延春閣復原圖。
“精神會(huì )餐”
每次一有運動(dòng)，跟“封資修黑貨”打交道的建筑歷史室都是首當其沖，右派傅熹年更是在劫難逃。
“文革”開(kāi)始后，傅家被抄，全家人掃地出門(mén)，擠住在大覺(jué)胡同一個(gè)大雜院中。傅熹年在建筑科學(xué)院做了三年水暖維修工，平日逐戶(hù)維修，冬天燒采暖鍋爐。院里的人想要暖和一些，他就把火燒得旺旺的。

這是他次目睹此畫(huà)實(shí)物。他注意到，位于畫(huà)幅右上方的款識“吳興趙孟頫”筆法滯澀，且從構圖上看畫(huà)幅右方頗顯局促，因而認為畫(huà)作并非趙孟頫作品，而是經(jīng)過(guò)了剪裁，作者原款被裁去，“趙孟頫”的名字是后來(lái)添加的。
因為全國需鑒定的書(shū)畫(huà)作品很多，當時(shí)商定，鑒定組采取不爭論原則，將不同意見(jiàn)作為附注標注。謝辰生只負責協(xié)調工作，啟功沒(méi)有參加這次鑒定，參加的5個(gè)中，徐邦達、楊仁愷、劉九庵3人同意這個(gè)意見(jiàn)。后的鑒定意見(jiàn)為，該畫(huà)為元人作品，但非趙孟頫所作。
鑒定組在沈陽(yáng)工作時(shí)，也發(fā)生過(guò)較大爭論，尤其是對一些畫(huà)的年代分歧很大。
1986年后，徐邦達實(shí)際上不參加鑒定了，啟功也經(jīng)常不來(lái)，劉九庵和傅熹年不得不負起主要責任來(lái)，大量的反對意見(jiàn)都是他們倆簽署的。
傅熹年說(shuō)，并不是每一位都堅持自己主持收購的書(shū)畫(huà)為真，徐邦達就很大度，他替故宮收進(jìn)的字畫(huà)，如果鑒定組認為是假的，他也認賬。

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