通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著(zhù)就被周?chē)练e物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


植物的化石包括根、木、葉、種子、果實(shí)、花粉、孢子、植石和琥珀?；懮现参?br /> 在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內的地層都有被發(fā)現到?；ǚ?、孢子和藻類(lèi)（溝鞭藻門(mén)和疑源類(lèi)）被用來(lái)界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動(dòng)物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區之內，都可以有大量的發(fā)現。

煤系地層是生存于古生代時(shí)的植物的化石的主要來(lái)源。煤炭礦是采集化石好的場(chǎng)所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結構細節很少會(huì )留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現鱗木的樹(shù)干。

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