地殼中保存的屬于古地質(zhì)年代的動(dòng)物或植物的遺體、遺物或生物留下的痕跡叫化石。動(dòng)物化石包括“肉質(zhì)化石”和“骨質(zhì)化石”。

化石作為煉丹材料 煉丹。 唐 駱賓王《代女道士王靈妃贈道士李榮》詩(shī)：“漫道燒丹止七飛，空傳化石曾三轉?！?br/>
簡(jiǎn)單地說(shuō)，化石就是生活在遙遠的過(guò)去的生物的遺體或遺跡變成的"石頭"。許多都被當時(shí)的泥沙掩埋起來(lái)。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質(zhì)分解殆盡；同樣，那些生物生活時(shí)留下的痕跡也可以這樣保留下來(lái)。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱(chēng)為化石。從化石中可以看到古代動(dòng)物、植物的樣子，從而可以推斷出古代動(dòng)物、植物的生活情況和生活環(huán)境，可以推斷出埋藏化石的地層形成的年代和經(jīng)歷的變化，可以看到生物從古到今的變化等等。因為在較老的巖石中的化石通常是原始的較簡(jiǎn)單的，而在年代較新的巖石中的類(lèi)似種屬的化石就要復雜和。

植物的化石包括根、木、葉、種子、果實(shí)、花粉、孢子、植石和琥珀?；懮现参?br /> 在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內的地層都有被發(fā)現到?；ǚ?、孢子和藻類(lèi)（溝鞭藻門(mén)和疑源類(lèi)）被用來(lái)界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動(dòng)物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區之內，都可以有大量的發(fā)現。

有胚植物現知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類(lèi)的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個(gè)化石被保留下來(lái)，包括石松門(mén)的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門(mén)的詳細化石在此時(shí)期被發(fā)現，此化石顯示出了其植物組織的單一個(gè)細胞。泥盆紀時(shí)亦出現了被認為是古老樹(shù)木的植物“古羊齒屬”，此類(lèi)植物在其樹(shù)干上有蕨葉，但此蕨葉不會(huì )產(chǎn)生孢子。


煤系地層是生存于古生代時(shí)的植物的化石的主要來(lái)源。煤炭礦是采集化石好的場(chǎng)所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結構細節很少會(huì )留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現鱗木的樹(shù)干。

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