在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區，農人沒(méi)有真實(shí)知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽(yù)。

堆肥：各類(lèi)桔稈、落葉、青草、動(dòng)植物殘體、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進(jìn)行好氧發(fā)酵腐熟而成的一種肥料。
漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進(jìn)行發(fā)酵而成.
廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.
沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產(chǎn)生沼氣后的副產(chǎn)物，包括沼氣液和殘渣。
綠肥：利用栽培或的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿(mǎn)江紅、水葫蘆、水花生等。
作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營(yíng)養元素有N、P、K、 Ca、s等。
在適宜條件下通過(guò)土壤微生物的作用，這些元素經(jīng)過(guò)礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。
礦物質(zhì)肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒(méi)有經(jīng)過(guò)化學(xué)加工的天然物質(zhì)。此類(lèi)產(chǎn)品要通過(guò)有機認證，并嚴格按照有機標準生產(chǎn)才可用于有機農業(yè)。
餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
泥肥：未經(jīng)污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。

主要來(lái)源于植物和（或）動(dòng)物，施于土壤以提供植物營(yíng)養為其主要功能的含碳物料。經(jīng)生物物質(zhì)、動(dòng)植物廢棄物、植物殘體加工而來(lái)，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)，包括：多種有機酸、肽類(lèi)以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營(yíng)養元素。不僅能為農作物提供全面營(yíng)養，而且肥效長(cháng)，可增加和更新土壤有機質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養分廣義
俗稱(chēng)農家肥，包括以各種動(dòng)物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動(dòng)物殘體、屠宰場(chǎng)廢棄物等。
另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。
主要是以供應有機物質(zhì)為手段，借此來(lái)改善土壤理化性能，促進(jìn)植物生長(cháng)及土壤生態(tài)系統的循環(huán)。