目前，國內現有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著(zhù)發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問(wèn)題。同時(shí)因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過(guò)程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周?chē)h(huán)境產(chǎn)生嚴重影響。同時(shí)發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴重，雨雪天無(wú)常工作，冬季因低溫導致設備無(wú)法處理糞便的現象。發(fā)酵時(shí)間普遍長(cháng)達1-2個(gè)月，耗費工作人員數量多。

目前，化肥被大量施用以保持農林業(yè)高產(chǎn)。但是，隨著(zhù)化肥用量不斷增加，土壤開(kāi)始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來(lái)，我國提倡有機農業(yè)，大量應用有機肥，達到保持作物產(chǎn)量的同時(shí)，保護土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機肥重要來(lái)源，2016年我國僅養殖肉牛產(chǎn)生的牛糞就達到15萬(wàn)噸以上，為我國有機肥生產(chǎn)提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產(chǎn)生大量小麥秸稈，秸稈為養殖業(yè)提供飼料，也為有機肥生產(chǎn)提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產(chǎn)的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關(guān)鍵的是有機肥原料的發(fā)酵腐熟技術(shù)不斷發(fā)展與創(chuàng )新。

菌肥是一種以菌類(lèi)為基礎的肥料，主要由菌絲體、孢子體和菌體等組成。菌肥可分為兩大類(lèi)：一類(lèi)是以菌絲體為主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一類(lèi)是以菌體和孢子體為主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。
菌肥具有以下特點(diǎn)：
1. 富含有機質(zhì)：菌肥主要由菌類(lèi)生物轉化而來(lái)，富含有機質(zhì)，能夠提供植物所需的營(yíng)養元素。
2. 促進(jìn)土壤活性：菌肥中的菌類(lèi)有利于土壤微生物的繁殖和活動(dòng)，促進(jìn)土壤的生物學(xué)活性。
3. 改善土壤結構：菌肥能夠分解有機物質(zhì)，改善土壤結構，增加土壤通氣性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌類(lèi)具有一定的抗病能力，能夠提高植物的力，減少病害發(fā)生。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時(shí)間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長(cháng)期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽(yáng)光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時(shí)，應避免與農藥等化學(xué)物質(zhì)混用，以免發(fā)生不良反應。

微生物菌肥，富含多糖類(lèi)、生物堿類(lèi)、類(lèi)、腐殖酸類(lèi)、海藻素等高能量物質(zhì)以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過(guò)提高作物葉片中葉綠素的含量達到營(yíng)養復壯、提質(zhì)增產(chǎn)的效果，通過(guò)提高作物體內的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質(zhì)的利用率，通過(guò)生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營(yíng)養。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進(jìn)入土壤會(huì )在根際定殖，搶占生態(tài)位點(diǎn)讓線(xiàn)蟲(chóng)及真無(wú)法侵染。有益微生物進(jìn)入土壤會(huì )在根系周?chē)a(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。